《命运之夜 无限剑制第二季》延续第一期剧情，围绕圣杯战争展开最终决战。圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物，而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。参加圣杯战争的七名由圣杯选出的魔术师被称为御主，与七名被称为从者的英灵订定契约。卫宫士郎与远坂凛结盟后，逐渐发现Archer的真实身份竟是未来的自己。Archer对士郎坚持“拯救所有人”的理想充满嘲讽与否定，两人在无限剑制的固有结界中展开激烈对决。士郎在战斗中重新审视自己的信念，最终选择坚守理想，即使前路充满荆棘。与此同时，言峰绮礼与吉尔伽美什的阴谋浮出水面，圣杯的真相被揭开——它并非许愿机，而是充满恶意的灾厄之源。凛与士郎联手对抗强敌，Saber也迎来与过去执念的最终诀别。在熊熊燃烧的冬木市，士郎与凛携手面对圣杯带来的危机，为这场残酷的战争画下句点。